SELECTIVE TRANSCRIPTOMIC VULNERABILITY OF MEMBRANE-INTEGRATED ARCHITECTURES DURING NEURAL TISSUE VITRIFICATION
本研究は、マウス脳組織のガラス化保存が、膜統合構造や分泌経路に関連する特定の転写産物を選択的に欠損させる分子レベルの脆弱性を初めて明らかにし、特に海馬において顕著な影響があることを示した。
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molecular biology
366 件の論文
Whole-genome pre-amplification as a viable approach for genomic screening of FFPE-derived DNA samples
FFPE 由来の DNA における全ゲノム増幅法 DLMDA は、DNA 収量の大幅な向上と偽陽性アーティファクトの回避を実現する一方、コピー数変異の検出感度が低下するというトレードオフがあるため、スクリーニングには有用だがさらなる感度向上が必要である。
Long-term stability of RNA nucleoside standards for accurate LC-MS quantification
本論文は、RNA 修飾の LC-MS 定量における合成ヌクレオシド標準試薬の長期安定性を系統的に評価し、44 種のヌクレオシドの分解挙動と理論計算を関連付けることで、試薬の調製・保存・品質管理に関する実践的な指針を提案したものである。
Epitranscriptomic profiling of VSMC phenotypes reveals uridine modifications linked to post-transcriptional regulation
本論文は、動脈硬化における血管平滑筋細胞の表現型可塑性を、TGF-β1 による抗アテローム性状態と IL-1β/PDGF-BB による炎症性状態の比較を通じて解明し、炎症性状態において GUUUU モチーフ内のウリジン修飾が亢進し、mRNA の 3'UTR や Poly(A) テール動態、miRNA 結合を介した転写後調節に関与する新たなエピトランスクリプトーム層を同定したことを報告しています。
Cytosolic and ER-associated ribosomes share rRNA 2'-O-methylation landscapes across human cell types
本論文は、RiboMeth-seq を用いた解析により、ヒトの複数の細胞種において細胞質と小胞体（ER）に局在するリボソームの rRNA 2'-O-メチル化パターンは極めて類似しており、この修飾がリボソームの局在や ER での機能特異性を決定する主要な要因ではないことを示しました。
KDM2B controls HIF levels and activity through its JmjC and CxxC domains
本論文は、KDM2B がその JmjC 脱メチル化ドメインと CxxC DNA 結合ドメインを介して HIF-1 の発現と活性を制御し、細胞の低酸素適応や生存に不可欠な役割を果たしていることを明らかにした。
Rapidly evolving aphid gall effector proteins exhibit saposin-like folds
本論文は、キクイムシが植物に注入する「バイシクルタンパク質」の結晶構造を解明し、これらがシステイン結合の有無に関わらずサポシン様フォールドを共有して急速に進化していることを示すとともに、AlphaFold2 を用いた大規模構造予測により、これらのタンパク質が植物の多様な標的への適応や免疫回避のために多様化してきたことを明らかにした。
Alternative polyadenylation drives isoform-dependent m6A remodeling during Zika virus infection
本論文は、ジカウイルス感染が宿主の非標準的なポリ腺酸化を誘導して新たな RNA アイソフォームを生成し、これが METTL3 による優先的なメチル化を受け、結果として宿主の m6A エピトランスクリプトームを再編成することを明らかにしたものです。
Barcode Crosstalk in ONT Multiplex Sequencing: Quantification and Mitigation Strategies
本研究は、ONT 次世代シーケンシングにおける低量 DNA 入力時のバーコード誤割当（クロストーク）を定量化し、既存プロトコルでは最大 2.4% の誤割当が発生するが、ONT による緩衝液変更やアダプター結合後のサンプル混合という独自プロトコルを用いることでこれを大幅に低減または完全排除できることを示した。
Chromatin remodelling enables enhancer resetting to facilitate the ERK transcriptional response
本研究は、マウス ES 細胞において ERK シグナルに応答して迅速かつ広範に起こるエンハンサーのリセット現象を解明し、その過程において RNA ポリメラーゼ II の放出に続く安定したクロマチン状態の再確立に NuRD クロマチンリモデリング複合体が不可欠であることを示しました。
Expansion and optimization of the auxin-inducible degron 2 (AID2) system in Candida pathogens
本研究では、臨床分離株を含む栄養要求性を持たない Candida albicans 株および Candida auris においても機能する AID2 システムの拡張と最適化を達成し、包括的な遺伝子編集ツールや新たな変異株作製戦略を開発することで、Candida 研究コミュニティにおけるタンパク質機能解析の利便性とアクセシビリティを大幅に向上させました。
Label-free toehold mediated strand displacement on 3D printed hybrid paper-polymer platform for protein sensing
本研究は、3D 印刷された紙・ポリマー混合垂直流デバイス上で、トウホールド媒介鎖置換を利用した 4 入力 DNA ロジックゲートを実装し、妊娠高血圧症候群の早期発見に重要な血小板由来増殖因子 BB（PDGF-BB）をピコモル濃度で高感度かつ特異的に検出する新しい手法を確立したものである。
Conformational and molecular interactions of small molecules targeting the SAM-I riboswitch
本論文は、SAM-I リボスイッチと天然リガンド SAM、非機能性分子 SAH、および潜在結合分子 JS4 の相互作用をシミュレーションにより解析し、リボスイッチの機能制御とコンフォメーション変化の分子メカニズムを解明することで、RNA ターゲット型抗生物質設計への知見を提供するものである。
Vitamin D3 attenuates nitrogen mustard-induced dermal toxicity by enhancing microbial butyrate production via the intestinal VDR-α-defensin signaling pathway
ビタミン D3 は、腸管 VDR-α-デフェンシンシグナル経路を介して腸内細菌叢（特に Akkermansia muciniphila）を再構築し、酪酸産生を増加させることで、窒素マスタード誘発性の皮膚毒性を軽減する。
Identification of a microRNA with a mutation in the loop structure in the silkworm Bombyx mori
カイコにおいて、幼虫の透け肌という変異体から同定された miR-3260 のループ構造変異は、Dicer による切断効率やジュベナイルホルモン関連の表現型に明らかな影響を与えないことが示された。
Genome-wide analysis of Heavy metal ATPase (P1B-type ATPase) gene family in Mung bean and their expression analysis under heavy metal (Zn, Cd and Cu) stress
本研究は、マメ科作物であるアズキのゲノムから9 個の重金属 ATPase（VrHMA）遺伝子を同定・分類し、Zn、Cd、Cu による重金属ストレス下での組織特異的な発現パターンを解析することで、重金属の恒常性維持とストレス耐性向上に向けた遺伝子機能の解明と育種への応用可能性を示しました。
Ribosome stalling facilitates chloroplast targeting of nuclear-encoded proteins
本研究は、リボソームの翻訳停止が、特に光合成関連の核コード化タンパク質の葉緑体への効率的な輸送を促進する新たな制御機構であることを、アラビドプシスにおけるディスソームプロファイリングと機能解析によって明らかにしました。
Host cell remodeling via cyclin dependent kinases drives Ebola virus replication and transcription
本研究は、質量分析ベースのフォスフォプロテオミクス解析により、エボラウイルスが宿主細胞のシグナル伝達を再編成し、特にサイクリン依存性キナーゼ（CDK2 など）を介してウイルスの複製と転写を駆動することを明らかにし、CDK 阻害剤が有効な抗ウイルス標的となり得ることを示しました。
Identification of Parkinson's disease-associated regulatory variants in human dopaminergic neurons reveals modulators of SCARB2 and BAG3 expression
この研究は、パーキンソン病に関連する非コード領域の遺伝子変異が、ヒト中脳ドパミン作動性ニューロンにおける SCARB2 および BAG3 の発現調節を介して疾患メカニズムに関与することを、多層的なオミクス解析と機能検証によって実証したものである。
lncOriL, a novel polyadenylated mitochondrial lncRNA common to zebrafish and human
本研究は、長リード直接 RNA シーケンシングを用いてゼブラフィッシュのミトコンドリア転写体を解析し、脊椎動物に共通して存在する新規ポリ腺酸化長鎖非コード RNA「lncOriL」や、特定の転写後修飾を持つ異常な mRNA などを同定し、その保存性をブタやヒトのデータによって実証したものである。